Ликвидация католических и лютеранских элементов населения города была порождена не только фанатизмом. Пророки знали, что Мюнстер будет атакован. Епископ, несмотря на то, что нехотя признал лютеранскую общину, не был готов сделать тоже самое для анабаптистов. Он, при любой возможности пытался остановить наступление анабаптизма, который, под предводительством пророков превратился в воинствующее движение. Епископ не видел иного выхода, как сокрушить его силой. Когда анабаптисты взялись за оружие в первый раз и оккупировали рыночную площадь он поспешил со своим воинством к городу – но в этих обстоятельствах городской совет отказался ему помогать. В последующие недели епископ был занят набором войска наемников.
Окружающие города и княжества предоставили, пусть и нехотя вооружения, припасы, военные материалы и в некоторых случаях и в неадекватных количествах – наемников. И поэтому когда анабаптисты в своей пропаганде утверждали, что они лишь защищались от католической агрессии они, без всякого сомнения, говорили это совершенно чистосердечно. Но также нет никаких сомнений и в том, что началу военных действий предшествовало изгнание католиков и лютеран. Уже на следующий день, 28 февраля вокруг города начали возводить земляной вал, и началась осада.
Масса анабаптистов была потрясена внезапным началом войны, но под энергичным руководством Книппердолинка уверенность быстро вернулась, и народ храбро ответил на угрозу. Были выбраны офицеры, был назначен ночной дозор, была создана пожарная служба, были вырыты окопы и траншеи для пушек, были воздвигнуты гигантские земляные валы за городскими воротами. Каждый мужчина, женщина и ребенок получили конкретную задачу. Очень скоро были совершены вылазки против осаждающих войск и произошли столкновения за городскими стенами. В то же время началась социальная революция под руководством Яна Матиса. Первой ее задачей стала конфискация добра эмигрантов. Все векселя, бухгалтерские книги и контракты, обнаруженные в их домах были уничтожены. Их одежда, постельное белье, мебель, инструменты, оружие, товары первой необходимости были свезены на центральные склады. Помолившись три дня, Матис объявил о том, что назначает семь “дьяконов”, избранных Господом для того, чтобы управлять этими складами. Бедняков призывали обращаться к ним для получения желаемых товаров в соответствии со своими нуждами.
