Фортуна не проявляла благосклонности к дону Себастиану – даже до того, как он появился на свет. Его отец, сын Жуана III, скончался за несколько дней до его рождения. Его мать, Хуана, дочь Карла V, бросила ребенка и сбежала на родину. Она отказалась от регентства, которое отошло к старой вдовствующей королеве, Катерине, бабке ее сына и ее собственной тетки. В качестве королевы Катерина продемонстрировала великие качества правительницы и лояльно служила своей приемной родине. То, что ей так и не удалось завоевать доверия португальцев, и ее провал в качестве регента не было ее виной. Португальцы ненавидели все испанское. Катерина, к несчастью, была испанкой по рождению, языку, внешнему виду и манере поведения. За это ее не любили и ей не доверяли.
Вероятность того, что король-инфант никогда не дожил бы до зрелости в эти дни высокой детской смертности была очень высока. За исключением дона Себастиана, и его двоюродного деда, Кардинала Энрике, который был связан клятвой безбрачия, и потому не принимался в расчет, никто на стоял на пути между португальской короной и Филиппом II Испанским – и ненавистными испанцами, которые лелеяли свои амбиции на протяжении столетий – не менее рьяно, чем португальцы надеялись на то, что они никогда не будут реализованы. Вероятность этого пугающего воссоединения еще более усилила анти-испанские чувства, главной жертвой которых и стала Катерина.
Сложность ее положения усиливалась ревнивостью кардинала Энрике, считавшего, что у него больше прав на престол. Опираясь на анти-испанские настроения населения и знати, полагавших, что Катерина затеяла заговор с целью воссоединения с Испанией, Энрике в конце концов добился того, что она передала ему регентство. В 1562, после пяти лет добросовестного правления та в печали вернулась в Испанию. Она могла оказаться тем влиянием, которое спасло бы Себастиана и его страну – но она была удалена именно в тот момент, когда в ней более всего нуждались – и ребенок второй раз был брошен на произвол судьбы.
Энрике проявил себя в качестве некомпетентного регента и не мудрого опекуна. Он смирился с тем, что и правительство, и король был переданы в руки двух иезуитов, братьев Луиза и Мартини Конклавес да Камара. Последний был прислан по специальному запросу Катерины из Рима с тем, чтобы стать исповедником короля, когда Себастиану было всего пять лет. Образование ребенка было поручено Луизу, администрация – Мартини, способному и амбициозному политику. Оба брата сыграли большую роль в интригах, приведших к падению Катерины.
Не потребовалось много времени на то, чтобы братья Камара осознали, что в их интересах- как можно быстрее заменить кардинала Энрике на короля Себастиана в качестве главы государства. И потому уже в 1568, когда дону Себастиану еще не было и пятнадцати, они провозгласили его полноправным властителем, отстранив от управления кардинала Энрике. Судьба страны и молодого короля оказалась в руках двух проповедников и коррумпированных чиновников, которыми они наполнили двор.
Себастиан вырос в хорошо сложенного и атлетического молодого человека, с голубыми глазами и светлыми волосами, белой кожей. Он разительно отличался от своих смуглых соотечественников, что дало почву для распространения слухов об его импотенции. Его внешний вид несколько портила отвисашая габсбургская губа, возможно самая знаменитая черта человеческого облика, известная истории. Он был суров, немногословен и величав. На его характер наложил отпечаток неумолимый клеркализм, в котором его взрастили. Он был мистиком и фанатиком, которого с детства посещали видения триумфов крестоносцев.