В октябре 1958 пакистанское правительство было свергнуто в ходе первого в истории страны военного переворота. Во главе путча стоял начальник генштаба генерал-майор Аюб Хан. Он отменил конституцию, запретил политические партии и назначил сам себя президентом. Аюб Хан был шефом генштаба восемь лет, унаследовав эту должность от офицера британского Раджа. Он закончил военную академию Сандхерст, самую престижную британскую военную школу, и во время второй мировой войны воевал в составе британской армии в Бирме. Как и Джинна он был больше англичанином, чем пакистанцем. Одной из главных побудительных причин переворота было опасение того, что по-настоящему демократическая система правления приведет к сдвигу баланса сил в пользу Восточного Пакистана, за счет Запада, представители которого доминировали в армии.
Готовясь к переводу правительства из Карачи в строящийся Исламабад, Аюб Хан с правительством перебрались в Равалпинди. При его власти пакистанские разведывательные службы, в особенности Межведомственный Директорат Разведки (Inter-Services Intelligence Directorate (ISI) разрослись и приобрели огромное влияние. ISI была организована британским генерал-майором Уильямом Коуторном после провозглашения независимости. При Аюб Хане ISI начал шпионить за врагами режима внутри Пакистана.
Хан также организовал первые в истории страны подтасованные выборы. В 1965 его “избрали” президентом. Его оппонентом на этих выборах была сестра Джинны Фатима, которая выступала на платформе восстановления гражданского правления. Подавление демократии еще более отдалило Восток.
У Хана был амбициозный план изгнания Индии с оспариваемых территорий Кашмира и присоединение всей провинции к Пакистану. Кашмир был единственной территорией с мусульманским большинством, не переданной Пакистану при разделе. В 1947 году Кашмир был княжеством, во главе которого стоял индус-махараджа. Он метался и не знал, к кому присоединиться, надеясь обрести независимость. Джинна приказал племенной армии вторгнуться в Кашмир и присоединить его к Пакистану. Индия в ответ послала туда свою армию. Первый премьер-министр, Джавахарлал Неру, не хотел видеть, чтобы его любимая территория была отобрана у Индии. Это привело к первой индо-пакистанской войне 1947 года.
Война закончилась первым разделом Кашмира. Индия получила большую часть провинции, включая столицу Сринагар и долину Кашмира. У Пакистана осталась меньшая часть, названная “Азад Кашмир”, “Свободный Кашмир”. Аюб Хан намеревался отбить весь Кашмир, и с этой целью разработал план “Операции Гибралтар”. Смыслом плана была инфильтрация в Кашмир пакистанских групп, с целью раздувания недовольства и подготовки мятежа, который потребует пакистанской интервенции. За этим следовала следующая операция “Великий Удар”, в ходе которого пакистанская бронетанковая колонна ударит по Индии и отрежет от нее Кашмир. План был чрезвычайно секретным – что привело к тому, что его никто не обсуждал и не подвергал критике – и речь идет о паттерне, характерном для всех последующих пакистанских войн. План дал осечку с самого начала. Восстания в Кашмире не случилось, но началась вторая индо-пакистанская война. В 1965 между Индией и Пакистаном произошла гигантская танковая битва в Пенджабе, на подступах к Лахору.
