Скорее, Джинна опасался, что единая Индия будет относиться к своим мусульманам в качестве граждан второго сорта, в 1937 году он заметил, что мусульмане “не хотят быть опущенными до статуса негров в Америке”. Он рассматривал независимый Пакистан в качестве убежища, в котором они смогут свободно практиковать свою религию на том уровне благочестия который каждому их них подходит. Основанное мусульманами, такое государство должно было быть светским и выступать в защиту разнообразия и терпимости.
Несмотря на значительную популярность, Джинна столкнулся со значительной оппозицией в исламском лагере. Малвана Саид Абу Ала Маудуди и его политическая партия, основанная в 1941 году, не испытывали никакого энтузиазма относительно идеи Пакистана. Они предпочли бы единый субконтинент, над которым доминировали бы мусульмане. По иронии судьбы, наиболее благочестивые мусульмане субконтинента не хотели создания Пакистана. Маудуди относился к Джинне с крайней степенью недоверия – и из-за его политических амбиций, и из-за отсутствия религиозности. Даже Мусульманская Лига Джинны была недостаточно мусульманской. Тем не менее, партия Маудуди, Джамаат-и-Ислам, не смогла набрать достаточного политического веса в новом Пакистане, хотя и сумела превратиться в знаменосца тех, кто стремился к более исламскому Пакистану.
Одной из многих трагедий пакистанской истории стало то, что Джинна не прожил достаточно долго для того, чтобы воплотить свое видение Пакистана в реальность. Он умер от туберкулеза и рака легких 11 сентября 1948 года – через год после рождения Пакистана. Он был настолько доминантной фигурой в движении за независимость, что он не оставил после себя лидеров, которые могли бы взять на себя задачу создания того государства, которое он задумал.
Вдобавок ко всем национальным бедам, главный помощник и наследник Джинны, Лиакат Али Хан был убит в 1951. Это стало первым в серии политических убийств, которыми, как шрамами, покрыта история Пакистана, и которые продолжаются и по сей день. С потерей отцов-основателей потрясения и смятения новой нации были гарантированы.
В течение первой четверти века истории Пакистана, наследие раздела, с разделением страны на Западный и Восточный Пакистан, только усложнили региональную политику. В то время большинство пакистанцев (56%) жили в Восточном Пакистане – части разделенной провинции Бенгалия, там, где когда-то находилась первая штаб-квартира британского Раджа. Как уже упоминалось, про Бенгалию забыли в названии страны. Это отражало второстепенный статус Бенгалии – несмотря на то, что Рахмат Али мечтал об объединенной Бенгалии , в которой будут доминировать мусульмане, и в состав которой также войдут Аззам и северо-восточная Индия. Все это вместе должно было стать отдельным государством под названием Банг-и-Ислам.
Джинна примерно также смотрел на Бенгалию – в качестве отдельного государства, в котором живут мусульмане и индуисты, смыслом существования которого является ослабление Индии. Британцы и индусы отказались рассматривать подобный вариант, и вместо этого разделили Бенгалию по религиозному признаку. Преимущественно мусульманская часть превратилась в Восточный Пакистан – отрезанный от своей традиционной политической, экономический и интеллектуальной столицы, Калькутты.
