После того, как Эфиопия была полностью поставлена под контроль, дерг, однако, занялся Эритреей. EPLF был вынужден пойти на “стратегическое отступление” – эвакуацию в горы на севере. Там была создана опорная база будущего государства с центром в городе Накфа. Одновременно, EPLF одержала окончательную победу над ELF, подразделения которого были навсегда вытеснены в Судан.
EPLF способствовал созданию на территорию северной Эфиопии Народного Фронта Освобождения Тигре (TPLF). Несмотря на то, что в 75-м это движение рассматривало себя как сепаратистское и направленное на “освобождение” исключительно народностей тигре, к началу 80-х оно превратилось в авангард борьбы с марксистской диктатурой. В отношениях между EPLF и TPLF, несмотря на военную кооперацию, появились проблемы. Главной был тот факт, что идеологи TPLF рассматривали Эритрею как “мультиэтническую территорию”, каждый народ которой имеет право на сецессию. Они также считали “своими” всех эритрейцев, говоривших на тигре.
EPLF подобные идеи отвергал, позиционировал себя в качестве “авангарда антиколониальной борьбы”, настаивал на том, что идея независимого государства тигре бессмысленна, и призывал TPLF “стать частью пан-эфиопской революции”. Кроме того, оба движения имели взаимные территориальные претензии друг к другу.
К середине 80-х, однако, между двумя фронтами сформировалось некое подобие отношений взаимного доверия. К этому времени эфиопский дерг был сильно ослаблен многолетней войной, голодом и внезапным лишением советской поддержки. В 1988 EPLF прорвалась со своих северных баз на восток, захватила портовый город Массава и расколола эфиопские силы в Эритрее надвое. В мае 1991 EPLF взял штурмом Асмару, в то время как Эфиопский Народно-Демократический революционный Фронт (EPRDF( в коалиции с TPLF взял Аддис-Абебу. В 1993 99,8% населения проголосовали на референдуме, проведенном ООН, за независимость.
EPLF был распущен в 1994 году, и на его основе создана единственная существующая в Эритрее политическая партия Народный Фронт Демократии и Справедливости (PFDJ). Само собой разумеется, были обещаны свободные выборы и конституция – обещания , невыполненные до сих пор.
Ментальность осажденной базы, характерная для всей истории EPLF, никуда не делась – и враждебное внешнее окружение только ее поддерживало и укрепляло. Эритрея “втиснута” между Суданом и Эфиопией, и, с точки зрения обеспечения безопасности, ее правителям всегда есть чем себя занять.
Несмотря на то, что эфиопские “союзники” Эритреи признали результаты референдума и независимость, и несмотря на тесные экономические связи между двумя государствами, напряжение на недемаркированной границе, в особенности, на западе, в районе города Бадме, росло. Эфиопия, в результате эритрейской независимости оказалась внутриматериковым государством. Эритрейцы, как было ранее согласовано с эфиопами, в 1997 ввели собственную валюту – накфа. Это породило ожесточенную торговую войну. Эфиопия также была разъярена тем фактом, что эритрейцы берут налоги и взимают пошлины в порту Ассаб. Порт находится на территории Эритреи, но практически весь связанный с ним товаропоток – эфиопский. На это наслаивалась давняя ненависть и подозрения – эритрейцы опасались, что Эфиопия снова их заглотит, эфиопы удивлялись спесивости и недоброжелательности эритрейцев. В мае 1998 началась война.