28 мая началась бомбардировка Сен-Эльмо. 24 турецких орудия были установлены в два яруса. Орудия на колесах стреляли железными пробивными ядрами. Гигантские бомбарды (одна – ветеран осады Родоса) метали каменные ядра для разбивания стен. Целью турок было стереть в пыль два наконечника звезды форта, выходившие к их позициям, а также слабый фланг и прикрывающий его редут. Со стен Биргу Ла Валетт пытался, как мог, помешать туркам. На цитадель Сен-Анджело затащили 4 орудия, с которых христиане начали обстрел турецких позиций. Это сопровождалось некоторым успехом: Пиала-Паша был легко ранен осколком камня. Но у Ла Валетта не было достаточно пороха для того, чтобы причинить серьезный ущерб.
С самого начала у христиан дела пошли плохо. Никто не мог поднять голову над парапетом: снайперы-янычары, сидевшие в траншеях со своими дальнобойными аркебузами, снимали каждого. Снайперы демонстрировали удивительное терпение и искусство, прячась в засадах по 5-6 часов. Только в первый день осады снайперским огнем было убито 30 человек. Защитников охватило подавленное настроение. Командир гарнизона Хуан де ла Серда был вассалом короля Филиппа и не имел никаких обязательств в отношении рыцарей. Уже 26 мая он послал пловца через пролив в Биргу. Его анализ был краток и убийственен: “Форт мал, слаб, без фланговой обороны он представляет собой чахоточное тело, которому нужно огромное количество лекарств, чтобы поддерживать в нем жизнь”.
Ла Валетт все это знал, но у него не было особого выбора: Сен-Эльмо был необходим для укрепления Биргу и Сенглеа. Гранд-Мастер иронически поблагодарил испанца за совет и немедленно выслал ему на помощь, как тот требовал, 120 человек подл командованием капитана Медрано. Это несколько подняло мораль в Сен-Эльмо, но стратегически положение форта не изменилось.
Ла Валетту, несмотря на морскую блокаду турок, удавалось поддерживать постоянную переписку с доном Гарсиа, сидевшим в 50 км от Мальты в Сицилии. Новости от дона Гарсиа не были утешительными: ему никак не удавалось собрать флот. Некоторые галеры все еще оснащались в Барселоне, генуэзцы Андреа Дориа ждали наемников, застрявших в грязях Ломбардии, постоянные дожди и бури препятствовали передвижениям большого флота.
Медрано организовал несколько контратак против саперов, однако, одна из них чуть не закончилась катастрофой. Вместо саперов в траншее атакующих поджидали янычары, которые устремились к стенам форта и захватили скалу, нависавшую на редутом, прикрывавшим фланг. 31 мая, в день Вознесения Господня, турки начали новый обстрел, целью которого было сравнять с землей передовые укрепления Сен-Эльмо. Бомбардировка продолжалась всю ночь. Орудия не чистили и не охлаждали – практика весьма опасная как для пушек, так и для артиллеристов.
Турки также начали задумываться о том, как перерубить связь между Биргу и Сен-Эльмо. На берегу пролива поставили два орудия и разместили несколько аркебузиров.
