Король Филипп, несмотря на кажущуюся нерешительность, не бездействовал. Он назначил своим наместником на Сицилии дона Гарсиа Де Толедо. Это дало “генеральному капитану морей” командование над всем средиземноморским бассейном и обороной Мальты. Дон Гарсиа очень хорошо понимал стратегическую обстановку, но был связан по рукам и ногам. В отличие от централизованного турецкого государства, в распоряжении дона Гарсиа были четыре эскадры, никак не связанные между собой – флотилии Неаполя, Сицилии, Испании и Генуи. Значительная часть флота состояла из галер частных контрактников, которых больше беспокоила сохранность кораблей, а не победа над турками. Задача свести в одном место эту плохо управляемую и разношерстную коалицию представлялась практически невыполнимой, при том, что все 4 эскадры должны были еще защищать и Испанию и Италию от внезапных рейдов арабских корсаров.
В то время как турецкая армада плыла по спокойному морю, дон Гарсиа собирал корабли в западном Средиземноморье, которое как раз в этот период находилось во власти штормов и внезапных бурь.
Итогом всех вышеперечисленных проблем стало то, что к июню 1565 года, когда осада Мальты продолжалась уже месяц, в распоряжении Мустафа-Паши было 165 галер, а дона Гарсиа -25.
9 апреля дон Гарсиа нанес неожиданный визит на Мальту. Он тщательно изучил укрепления Биргу, Сенглеа и Сен-Эльмо. Испанец сразу указал на ключевое значение маленького форта, от которого, по его мнению, зависел исход всей кампании. Овладение Сен-Эльмо гарантировало безопасность движения по всей гавани, и именно там можно было связать и истощить основные силы врага. Задержка у форта давала время на организацию серьезной христианской спасательной экспедиции на Мальту. Внимательно изучив Сен-Эльмо, дон Гарсиа нашел серьезный изъян укреплений с западной стороны, откуда “враг мог проникнуть без всякого труда”. Напротив западной стены срочно возвели дополнительное фланговое укрепление треугольной формы.
Ла Валетт был разочарован тем, что дон Гарсиа не привез с собой обещанных подкреплений – тысячи испанских солдат. Дон Гарсия пообещал подкрепления прислать (хотя взять их особо было неоткуда), и в качестве “залога” оставил собственного сына. После этого дон Гарсиа отбыл инспектировать испанские укрепления Ла Голетта в Тунисе.
Ни Ла Валетт, ни дон Гарсиа еще не знали, что их время закончилось. 7 мая цепью была перегорожена внутренняя бухта между Биргу и Сенглеа. 10 мая прибыли последние подкрепления испанских солдат. Исступленными усилиями возводился “редут” у западной стены Сен-Эльмо, который, в конечном итоге оказался не более чем земляной насыпью, облицованной снаружи камнями.
Кроме фортов гавани, в обороне важную роль должны были сыграть еще две важные укрепленные точки: небольшая крепость на прилегающем к Мальте острове Гозо и цитадель древней столицы Мальты, Медины. Медина располагалась в центре острова и являлась традиционным местом спасения в случае рейдов корсаров. Ее укрепления были весьма впечатляющими, но вряд ли выдержали бы продолжительную бомбардировку турецкими осадными орудиями. Население Медины нервничало, опасаясь, что все ресурсы брошены на защиту гавани. Ла Валетт назначил командующим гарнизона Медины и губернатором всей остальной части острова португальского рыцаря Педро Мезкита. Тогда же было принято стратегически важное решение – вся кавалерия рыцарей была сосредоточена в Медине.
