И Абу Мусаб аз-Заркауи, основавший в 1999 Джамаат а-Тавхид ва-л-Джихад (JTWJ) и Усама бин Ладен вступили в эпоху зрелости в эру антисоветского джихада в Афганистане в 80-х. Но их организации располагали отличным друг от друга генетическим материалом, что частично объясняются различием той среды, из которой вышли их лидеры, стилем руководства и целями. И это было верным даже тогда, когда обе группировки пошли на “брак по расчету” в 2004.
Важно различие социально-экономического фона основателей этих групп. В то время как бин Ладен и его кадры были выходцами из как минимум верхушки среднего класса и имели университетское образование, Заркауи и его сподвижники – продукты бедности необразованных классов. Уголовное прошлое самого Заркауи и его экстремальные взгляды на такфир (обвинение другого мусульманина в ереси, что оправдывает его убийство) создало повод доя напряженности и недоверия между ним и бин Ладеном – когда двое впервые встретились в Афганистане в 1999
В те времена бин Ладен располагал наибольшим влиянием среди “афганских арабов” на контролируемой Талибаном территории. Его авторитет основывался на деньгах, организации атак за границей и на крахе многих джихадистских инсургенций в арабских странах в середине 90-х. Заркауи хотел устроить свой собственный террористический лагерь в Герате – из числа освобожденных по амнистии иорданских террористов. Если бы ему не помог военный командир аль-Каиды, египтянин Сайф аль-Адель (предположительно, до сего дня находящийся под арестом в Иране после того, как сбежал от наступавших американцев в 2001), ему бы пришлось куда труднее. Бин Ладен предоставил Заркауи некий начальный капитал, и ручеек денег от него продолжался до 9/11. Заркауи, в любом случае, базировался на другом конце Афганистана, и имел отличную от Аль-Каиды, хотя иногда и пересекающуюся с ней идеологию. Бин Ладен несколько раз пытался инкорпорировать группу Заркауи в Аль-Каиду, и требовал, чтобы тот принес ему клятву верности – байя. Заркауи всегда отказывал.
Во время иракской войны дерзости Заркауи и его уверенность в том, что авторитет должен быть у тех, кто дерется на линии фронта, а не у закулисных кукловодов, создали еще больше напряженности. Эти взгляды также стали причиной конфликта с его ментором – шейхом Абу Мухаммадом аль-Макдиси, который считается наиболее важным джихадистким идеологом, независимым ни от какой отдельной группировки.
В конце 90-х и начале 2000-х главной задачей Аль-Каиды было предоставление финансовой поддержки бродячим иностранным боевикам, в таких местах, как Босния и Чечня. Они пытались “освободить” то, что в их представлении было “оккупированными мусульманскими территориями”.
Целью также было свержение “еретических” арабских режимов. Для достижения этой цели, однако, следовало “отрубить голову змее” – а именно, уничтожить США и Запад.
Для JTWJ, между тем, главной целью было свержение иорданской монархии, за которой, предположительно, должны были последовать прочие режимы Леванта. Миссии обеих организаций менялись со временем. Разбухание Аль-Каиды привело к распространению локальных франшиз в середине 2000-х. Группа поддержала заговоры и мятежи в арабском мире, в качестве дополнения к ее усилиям против целей на Западе.