Последовали годы относительного упадка, хотя и не окончательного разгрома ISI. Они сопровождались значительным снижением уровня насилия в Ираке. Одновременно было достигнуто некое взаимопонимание и сближение между Аль-Каидой и ISI. В апреле 2008 Завахири издал заявление “В связи с пятой годовщиной вторжения и пытки Ирака”, в котором говорилось: “Оказание помощи муджахеддинам Ирака – в первую очередь, Исламскому Государству Ирак – самый главный долг исламской уммы сегодня”.
Через несколько недель после смерти бин Ладена пресс-представитель ISI Абу Мухаммед аль-Аднани сказал: “Я также от всей души приветствую наиболее уважаемого шейха, заслуженного инструктора и ISIS опытного лидера уммы, шейха доктора Аймана аз-Завахири. Мы счастливы и да благословит Аллах его на новом посту. Мы молим Аллаха помочь ему с этим новым назначением и вести его по тому пути, который угоден Аллаху”.
Несмотря на эти реверансы, стоит отметить, что в отличие от других лидеров франшиз Аль-Каиды, Абу Бакр аль-Багдади, ставший лидером ISIS после гибели Абу-Омара аль-Багдади в 2010, никогда не давал байя аз-Завахири.
Скрытая враждебность между ISIS и Аль-Каидой переросла в открытую войну в апреле 2013, когда Абу Бакр аль-Багдади заявил о расширении своего Исламского Государства Ирак в Сирию и о создании Исламского Государства Ирак и Сирия. Он также заявил, что Джабхат ан-Нусра и ISIS – два названия одной организации. Это не понравилось лидеру Нусры Абу Мухаммеду аль-Джулани, который осудил это движение на Сирию и подтвердил свою верность Завахири. В свою очередь Завахири попытался (безуспешно) аннулировать приказ Багдади и велел ему вернуться в Ирак, а сирийский фронт оставить Джабхат ан-Нусре. Ни с Джулани, ни с Завахири никто не консультировался накануне объявления об экспансии Исламского Государства в Сирию.
Багдади, в свою очередь, издал аудиообращение, в котором заявил, что ISIS остается в Сирии и не собирается “соблюдать границы Сайкса-Пико”. Более того, Багдади нагло отказался от приказа Завахири о слиянии двух групп и сказал, что последует “приказу моего Аллаха , а не командам, написанным на бумажке”.
Контекст этого последнего раскола станет более понятным с учетом событий лета 2011, когда ISI был на первых стадиях планирования своего возвращения – благодаря сирийскому мятежу. Багдади послал в Сирию несколько доверенных людей, задачей которых было организовать новую джихадистскую организацию, в создании которой также участвовал и Завахири. Одним из этих оперативников был Джулани. К январю 2012 ему удалось построить Джабхат ан-Нусру, которая к ноябрю уже считалось одной из лучших боевых групп мятежа. Успех Джулани подвиг Багдади на расширение деятельности ISI непосредственно на территорию Сирии. Первоначально все противоречия регулировались за кулисами, а публике рассказывали о “соревновании в свержении Асада”. Между тем, многочисленные попытки посредничества и урегулирования с помощью джихадистских авторитетов провалились.
Окончательный разрыв Аль-Кады с ISIS произошел в январе 2014 – после начала восстания сирийских мятежников против бесчинств ISIS. Хищнический способ конфискации у других групп территорий и ресурсов, а также провалившиеся публично попытки посредничества независимого саудовского шейха Абд Аллаха бин Мухаммеда аль-Мухайсини стали катализаторами процесса. 2 февраля Аль-Каида издала заявление, в котором говорилось: “ISIS не является отделением Каидат аль-Джихад, мы не имеем с ними организационных отношений, и наша группа не несет ответственности за их действия”.