Ужасы Алжира стали всепоглощающими. Генералы и FLN осознали, что военная победа над инсургентами невозможна, и необходим некий новый, примиряющий подход. В 1995-1998 президент Ламин Зеруаль издал множество декретов об амнистии. Они убедили 4 тысячи исламистов сложить оружие. В апреле 1999 Абдулазиз Бутефлика, 62-летний функционер FLN, при поддержке военных был избран президентом – на платформе национального примирения. Закон, известный под названием Concorde Civile , и предлагавший всеобщую амнистию, был принят в сентябре 1999 года. Еще больше боевиков GIA вышли из подполья. Следующие амнистии были дарованы Хартией Мира и Национального Примирения в 2005, которая была одобрена на всенародном референдуме. Нации было тошно от насилия, и значительное количество исламистов отказались от семтекса и Калашникова в пользу других форм ненасильственной оппозиции.
Лишь GIA и GSPC отвергли все мирные инициативы и поклялись драться до конца – до того, как исламский эмират в Алжире станет реальностью. В начале тысячелетия сочетание усталости от войны, примирительной политики правительства и успешных военных и полицейских операций против исламистских милиций медленно, но верно привели к восстановлению порядка на севере Алжира. В этих условиях GSPC приняла решение искать новые поля сражений – там, где хватка правительства все еще была слаба. Они также желали воплотить в жизнь новую, интернационалистскую агенду, и привести свое движение в соответствие с требованиями глобального джихада. Представители GSPC отправились в 1998 в Пакистан, где приняли участие в собрании, организованном Усамой бин Ладеном в попытке объединить разношерстные террористические группировки в один глобальный исламистский фронт. Господствующими доктринами этих движений были салафизм и ваххабизм.
Салафиты проповедовали возврат к чистым и незапятнанным моральным принципам ас-Салех ас-Салаф, праведных соратников Пророка, первых мусульман. Это – вид религиозной ностальгии, которая обращается в прошлое, в то, что, воображается полной, единой и морально чистой доктриной того, как следует жить согласно примеру соратников Пророка. Некоторые ученые утверждают, что салафизм является относительно модернисткой теорией, которую сварганили в конце 19-го века на азиатском субконтиненте. Целью было освободить младые мусульманские умы от оков колониализма и согнуть их в строгой интерпретации Корана и хадис. С той поры салафизм стал определением, которое приклеивается к любому мусульманскому движению, стремящемуся навязать нежелающему того обществу шариат любыми методами – мирными или насильственными. Ранним распространителем идей возвращения к чистоте бытия ас-Салаф был Мухаммед ибн Абд аль-Ваххаб. Его идеи укоренились на Аравийском полуострове и были приняты на вооружение домом Сауд. Несмотря на свою любовь к материальному избытку и теплым отношениям с великим сатаной –Америкой, саудовская королевская семья, равно как эмиры и принцы Катара и прочих аравийских деспотий превратились в главных спонсоров распространения салафизма и ваххабизма по всему миру. На их деньги построены мечети и мадрассе в Северной и Западной Африке. GSPC были салафитами вдоль и поперек, и начали думать о том, что их положение значительно улучшится, если они запишутся в всемирное движение муджахеддинов – вместо того, чтобы продолжать отчаянную и малоизвестную войну в своем уголке – Алжире.
Появились новые лидеры, бросившие вызов Хаттабу, в особенности после того, как Хаттаб сделал попытку дистанцироваться от Аль-Каиды после терактов 9/11, которые привели к массовой гибели гражданских лиц. Более того, многие относились к Хаттабу как к слабому лидеру, который оказался не в состоянии устроить достаточно ужасные теракты – по крайней мере достаточно ужасные для того, чтобы привлечь к движению внимание мировой общественности. Лидерами этой внутренней оппозиции были Абдульмали Друкдель (он же Абу Мусад Абдель Вадуд) – математик и талантливый изготовитель бомб, Набиль Сахрауи (он же Мустафа Абу Ибрахим) – один из наиболее обожаемых лидеров GSPC, и Амари Саифи (он же Абу Хайдара) – более известный под именем Абдульраззак эль-Пара (Парашютист).